สายพันธุ์กาแฟในโลกนี้มีกาแฟมากมายหลากพันธุ์หลายชนิด แต่ที่รู้จักกันโดยทั่วไปจะมีอยู่ 4 พันธุ์ แต่กาแฟพันธุ์ ลิเบอริก้าและเอ็กซ์เซลซ่า ไม่นิยมปลูกเพื่อการค้าเนื่องจากรสชาติไม่ค่อยดีนัก ส่วนพันธุ์ที่นิยมปลูกเพื่อการค้าและมีขายกันโดยทั่วไปมีอยู่ 2 พันธุ์คือ อราบิก้า และโรบัสต้า

      อราบิก้า (Arabica) คนที่รักความกลมกล่อม กลิ่นหอม และรสชาตินุ่มละมุนของกาแฟ มักจะตกหลุมรักกาแฟสายพันธุ์นี้ ที่นิยมปลูกมากที่สุดเป็นอันดับหนึ่งของโลกถึงร้อยละ 80 และเป็นกาแฟที่ได้รับความนิยมสูงสุดในร้านกาแฟสดทั่วโลก ขณะเดียวกันอราบิก้าก็ปลูกยากและต้องการการควบคุมด้านคุณภาพการปลูกมากเช่นกัน 

      เมล็ดกาแฟพันธุ์อราบิก้านี้จะมีรูปทรงค่อนข้างเรียวผอม รอยผ่าไส้กลางมีลักษณะคล้ายตัว S เมื่อผ่านกระบวนการผลิตแล้ว กาแฟพันธุ์นี้จะมีกลิ่นหอมหวานอบอวล ซับซ้อน คล้ายกลิ่นช๊อกโกแลตและดอกไม้ รสชาตินุ่มละมุน อราบิก้าให้ปริมาณคาเฟอีนไม่เข้มข้นมากอยู่ในระดับ 1.1-1.7 เปอร์เซ็นต์ ทั้งยังมีให้เลือกหลายพันธุ์ เช่น ทริปิก้า เบอร์บอน บลูเมาท์เท่นมอกกา (Mokka) คาทูร่าโคน่า และเคนท์ซึ่งต่างก็มีกลิ่นหอมและรสชาติหวานมันแตกต่างกันตามถิ่นกำเนิด 

      อราบิก้าเป็นกาแฟที่รักอากาศเย็นสบายราว15-25 องศาฯ จึงเหมาะที่จะปลูกในที่ภูมิประเทศสูงกว่า1,000 เมตรจากระดับน้ำทะเล สำหรับในประเทศไทยนิยมปลูกในเขตพื้นที่ทางภาคเหนือ เช่น เชียงใหม่ เชียงราย ตาก น่าน แม่ฮ่องสอน ลำปาง สายพันธุ์ที่นิยมปลูกมากคือ สายพันธุ์ คาร์ติมอร์ และแน่นอนว่าราคาของกาแฟก็แตกต่างตามคุณภาพของแต่ละสายพันธุ์อีกด้วย

      โรบัสต้า (Robusta) คอกาแฟเข้มข้นแบบลูกผู้ชายตัวจริงไม่ควรพลาดกาแฟโรบัสต้า ถึงแม้ว่าจะให้รสชาติด้อยกว่า มีรสฝาดมากกว่า แต่body (ความเข้มข้น) ของกาแฟพันธุ์นี้จะมีมากกว่า สามารถรับรู้ได้เวลาดื่ม เพราะมีปริมาณคาเฟอีนสูงกว่าอราบิก้า 1-2 เท่าตัวหรือประมาณ 2-4.5 เปอร์เซ็นต์ จึงทำให้นิยมนำไปผลิตเป็นกาแฟสำเร็จรูป (Instant Coffee) และ3in1 รวมถึงการนำไปผสมกับกาแฟสายพันธุ์อื่นที่เรียกว่า “กาแฟเบลนด์” (Blend Coffee) เพื่อให้ได้รสชาติที่แตกต่างออกไป 

      เมล็ดพันธุ์ของโรบัสต้าจะอวบอ้วน ด้านหลังมีลักษณะนูนเป็นหลังเต่า รอยผ่าไส้กลางเมล็ดจะเป็นเส้นค่อนข้างตรง เป็นกาแฟพันธุ์ที่ต้องการความชุ่มชื้นสูง ปลูกง่าย แข็งแรง ทนทานต่อโรคต่างๆ ได้ดี ให้ปริมาณผลผลิตมาก นิยมปลูกกันมากในทวีปอัฟริกาและเอเชีย สามารถปลูกในพื้นที่ที่มีระดับความสูงตั้งแต่ 500-600 เมตร เหนือระดับน้ำทะเล สำหรับประเทศไทยนิยมปลูกกันทางภาคใต้ เช่นที่จังหวัดชุมพร,สุราษฏร์ธานี,นครศรีธรรมราช

      เอ็กเซลซ่า (Excelsa) แม้จะมีรูปลักษณ์ภายนอกของเมล็ดและรสชาติใกล้เคียงกับโรบัสต้า แต่เอ็กเซลซ่ากลับไม่ได้รับความนิยมแพร่หลายเท่ากับโรบัสต้า แต่ชาวแอฟริกันและบ้านเกิดของกาแฟ (กาแฟได้รับการค้นพบครั้งแรกในเยเมนและเอธิโอเปีย ส่วนเอ็กเซลซ่าเป็นที่รู้จักครั้งแรกในปี 1904) พวกเขารักรสชาติเข้มข้นและความขมพร่าของเอ็กเซลซ่าอย่างมาก ถึงขนาดที่ดื่มกาแฟสายพันธุ์นี้ได้ตลอดวันทั้งยังปลูกง่าย ดูแลง่าย ทนแล้งและทนโรคได้ดี ให้ผลผลิตสูง ส่วนเมล็ดแก่ของเอ็กเซลซ่ายังให้รสชาติกลมกล่อมและหอมมันคล้ายกับกาแฟอราบิก้าอีกด้วย

      ลิเบอริก้า (Liberica) บ้านเกิดของลิเบอริก้าอยู่ที่ไลบีเรียและไอวอรีโคสต์ ส่วนรสชาติก็ใกล้เคียงกับอราบิก้าแต่มีรสเปรี้ยวอมหวานของผลเบอร์รี่มากกว่า แต่มีความทนทานต่อโรคได้ดีกว่า รักอากาศร้อนชื้นและน้ำชุ่มๆ นอกจากนี้ชาวไอวอรีโคสต์และมาดากัสก้ายังนิยมนำไปพัฒนาสายพันธุ์กับกาแฟสายพันธุ์อื่น ส่วนบาริสต้าเองก็นิยมนำไปเบลนด์เข้ากับกาแฟอื่นๆ เพื่อเพิ่มความเข้มข้นและเสริมรสให้มีเอกลักษณ์มากขึ้น แม้จะได้ชื่อว่าเป็นกาแฟที่มีคุณภาพต่ำกว่าสายพันธุ์อื่น แต่ลิเบอริก้ากำลังได้รับความนิยมแพร่หลายในประเทศแถบสแกนดิเนเวีย