กาแฟมีมากกว่า 6,000 พันธุ์ แต่พันธุ์หลัก ๆ ที่ได้รับความนิยมมี 2 พันธุ์ ได้แก่ อาราบิก้า (Arabica) ซึ่งเป็นกาแฟแบบดั้งเดิม มีรสชาติดี และโรบัสต้า (Robusta) ซึ่งมีปริมาณกาเฟอีนสูง และสามารถปลูกในที่ที่ปลูกอาราบิก้าไม่ได้ (คำว่า robust ในภาษาอังกฤษ แปลว่า ทนทาน) ด้วยความที่มีความทนทานมากกว่านี้เอง จึงทำให้กาแฟโรบัสต้ามีราคาถูกกว่า แต่ผู้คนนิยมดื่มไม่มากนักเนื่องจากมีรสขมและเปรี้ยว ส่วนโรบัสต้าที่มีคุณภาพดีมักถูกนำไปใช้เป็นส่วนผสมของเอสเพรสโซ่ แบบผสม (เอสเพรสโซ่มีสองแบบใหญ่ ๆ คือแบบที่เป็นอาราบิก้าแท้ ๆ กับแบบที่ผสมกาแฟชนิดอื่น ๆ)

กาแฟอาราบิก้า(Arabica)

ประเทศไทยสามารถปลูกไร่กาแฟอาราบิก้าได้ทางภาคเหนือโดยเฉพาะที่จังหวัดเชียงใหม่, เชียงราย, ลำปาง, แม่ฮ่องสอนและตากกาแฟพันธุ์อาราบิก้าเจริญเติบโตที่บริเวณที่ราบสูงประมาณ 800 ถึง 1, 500 เมตร ที่ความสูงระดับนี้จะมีผลให้กาแฟเจริญเติบโตไปอย่างช้าๆซึ่งจะทำให้ผลผลิตเมล็ดกาแฟที่มีรสชาติดีกว่าได้ในจำนวนมาก การเพาะกาแฟพันธุ์อาราบิก้าในประเทศไทยยังอยู่ในขั้นทดลองจึงไม่สามารถทำการเก็บเกี่ยวผลิตผลต่อปีได้มากนัก ส่วนใหญ่แล้วผู้เพาะปลูกกาแฟอาราบิก้าพันธุ์ไทย คือ เจ้าของไร่รายย่อยเช่นครอบครัวชาวเขาและชาวบ้านเช่นเดียวกับ ที่สถานีทดลอง เช่น วาวีและช้างเขียนอีกทั้งยังมีโครงการพัฒนาอีกมากมาย เมล็ดกาแฟจำนวน 200-300 ตันที่เก็บเกี่ยวได้ต่อปีถูกรับซื้อไปโดยพ่อค้าในท้องถิ่น และจากโรงงานเพื่อผลิตเป็นกาแฟเม็ดอบและกาแฟผงต่อไป

กาแฟโรบัสต้า(Robusta)

ไร่กาแฟโรบัสต้าตั้งอยู่ทางใต้ของประเทศไทย ซึ่งส่วนใหญ่แล้วจะอยู่ที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี, ชุมพร, ระนอง, นครศรีธรรมราช, พังงา, และกระบี่กาแฟโรบัสตาเติบโตได้ดีในที่ราบต่ำ กาแฟพันธุ์นี้ให้ข้อดีแก่ผู้เพาะปลูกมากมายเช่น ต้นกาแฟโรบัสต้าสามารถเพาะปลูกได้ง่าย, มีความต้านทานต่อการติดเชื้อสูง, สามารถที่จะทนต่ออุณหภูมิและระดับความชื้นที่สูง อีกทั้งพันธ์โรบัสตายังให้ผลผลิตเมล็ดกาแฟมากกว่า และผลของมันยังสุกเร็วกว่าเมื่อเทียบกับพันธุ์อาราบิก้า อย่างไรก็ตามเมล็ดกาแฟพันธ์โรบัสตา เมื่อพิจารณาแล้วจะมีคุณภาพต่ำกว่าพันธุ์อาราบิก้าและมีราคาถูกกว่าอีกด้วยกาแฟโรบัสตาพันธุ์ไทยเป็นชนิดที่มีคุณภาพดีและมีการยอมรับอย่างกว้างขวางในนานาชาติ ตลาดส่งออกหลักของเราคือสหรัฐอเมริกา, โซนยุโรป, ญี่ปุ่นและสิงคโปร์ ในตลาดท้องถิ่น กาแฟโรบัสต้าได้ผ่านการแปรรูปเป็นเครื่องดื่มกาแฟกระป๋องหรือกาแฟสำเร็จรูปชนิดผงเสียส่วนใหญ่ ด้วยกรรมวิธีที่เหมาะสม และเทคโนโลยีการเผาเมล็ดกาแฟแบบใหม่ช่วยให้นักชิม และนักเผาเมล็ดกาแฟสามารถทำให้กาแฟโรบัสต้าพันธุ์ไทย เป็นกาแฟที่มีรสชาติกลมกล่อมและมีคุณภาพดีได้